D. Juan García-Santacruz murió en Toledo el 12 de marzo de 2011, después de estar varias semanas ingresado en un hospital. Tras su muerte, sus restos fueron llevados hasta Guadix, donde fueron velados en el obispado por numerosas personas que pasaron por la capilla ardiente. El 14 de marzo se celebró un sentido funeral de exequias en la catedral accitana, donde recibió sepultura. Tenía 78 años y llevaba sólo un año de obispo emérito de Guadix, después de haber estado 17 años al frente de la diócesis como obispo titular.
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